Metsähistorian Seura toimii yhteistyössä koti- ja ulkomaisten historia- ja perinneyhdistysten sekä muiden metsähistoriasta kiinnostuneiden yhteisöjen kanssa. Jäsentensä kautta seuralla on toimivat suhteet yliopistoihin, tutkimuslaitoksiin ja metsäalan organisaatioihin.
Seura toimii aktiivisesti Pohjoismaiden metsähistorian seurojen ja metsämuseoiden yhteistyöryhmässä. Pohjoismainen metsähistoriakonferenssi järjestetään vuorotellen eri Pohjoismaissa (matkakertomukset löytyvät opintomatkat-sivustolta).
Metsähistorian Seura on Tieteellisten seurojen valtuuskunnan ja Suomen Metsäyhdistyksen jäsen.
Metsähistorian Seura toimii kiinteässä yhteistyössä Suomen Metsämuseo Luston kanssa.